本館主要藏品為台灣原住民族文物,多數為本館創辦人林清富先生早期之收藏,其餘文物來源則為本館後期之購藏及民眾、他館捐贈。這些各時期原住民相關文物或藝術創作品的典藏,使本館得以持續保存、展示及推廣台灣原住民文化;透過這些各時期與族群的文物,不只是可以認識台灣原住民文化,同時也可以認識到台灣不同年代的社會發展與族群互動關係。
博物館典藏業務除了保存館藏文物、典藏庫房管理之外,近年來也逐步透過藏品數位拍攝,讓文物圖像與相關資料能更豐富的於網路上公開供民眾瀏覽、申請圖像授權等,使藏品的運用更加多元化。
本館典藏業務主要包含以下述工作: