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■ 本館出版專題 & 專刊系列
【平面出版】

  1. 1994 『鳥居龍藏眼中的台灣原住民』
  2. 1994 『順益台灣原住民博物館導覽』(中、英、日版)
  3. 1995 『鄒族的生活世界-HUPA.HOSA.KUBA』特展專刊
  4. 1995 『卑南巡禮特刊-由獵祭出發』特展專刊
  5. 1996 『順益台灣原住民博物館通訊』(月刊)
  6. 1996 『台灣原住民.台灣印象-順益原住民海報創作特展』專刊
  7. 1997 『阿美族的生活智慧-南勢阿美七腳川社』特展專刊
  8. 1998 『歷史中的平埔族』特展專刊
  9. 1998 『與部落結合排灣族達瓦蘭特展/跨世紀文化札根運動:
    部落有教室』特展專刊
  10. 1999 『伊能嘉矩收藏台灣原住民影像』
  11. 1999 『築夢成真-林清富的文化夢』(含台灣原住民生活影像DVD)中、英、日版。
  12. 1999 『順益台灣原住民博物館文物圖錄』(附英日解說手冊)
  13. 1999 『見圖思情』畫冊
  14. 1999 『順益台灣原住民博物館導覽手冊』(兒童版)
  15. 2000 The Formosan Encounter: Notes on Formosa’s Aboriginal Society:A Selection of Documents from Dutch Archival Sources Volume II: 1936-1645
  16. 2000 『布農族人經濟文化活動變遷』特展專刊
  17. 2001 『馬偕博士收藏台灣原住民文物展-沉寂百年的海外遺珍』
  18. 2001 In search of the Hunters and Their Tribes - Studies in the History and Culture of the Taiwan Indigenous people
  19. 2001 Natives of Formosa:British Reports of the Taiwan Indigenous People, 1650-1950
  20. 2001 Austronesian Taiwan - Linguistics, History, Ethnology & Prehistory
  21. 2001 「以『巴斯達隘(矮靈祭)』祭典活動探索賽夏族文化精髓」
  22. 2002 「鏡頭下的達悟族-蘭嶼•達悟族影像」特展專刊
  23. 2003 「原始文明•魯凱民族」特展特刊
  24. 2004 「英國基督長老教會傳教士與台灣南島民族族群的接觸—1865~1940」
  25. 2004 「築夢踏拾」特刊(中、英、日版)
  26. 2004 「順益台灣原住民博物館十週年回顧特刊」
  27. 2006 「2006年全國學生台灣原住民海報創作競賽成果專刊」
  28. 2006 The Formosan Encounter-Notes on Formosa’s Aboriginal Society:A Selection of Documents from Dutch Archival Sources Volume Ⅲ:1646-1654
  29. 2006 「順益台灣原住民博物館導覽手冊」【2006年中文版】
  30. 2006 「歷史、文化與族群 台灣原住民國際研討會論文集」
  31. 2006 「搖擺布錠-烏來原住民族紡織文化展」特展專刊
  32. 2006 移動的部落-都市叢林裡的原舞者 特展專刊
  33. 2007 火神光照-撒奇萊雅族特展特刊
  34. 2008 第二屆全國學生台灣原住民海報創作競賽專刊
  35. 2008 阿美族裡漏部落問路特展特刊
  36. 2009 「Austronesia Taiwan」-Linguistics , History , Ethnology and Prehistory 」改版
  37. 2009 「百年來的凝視-日本國立民族學博物館珍藏台灣原住民文物」中日文特展專刊
  38. 2009 山舞益十五 順益台灣原住民博物館開館十五週年專刊中英版
  39. 2009 福爾摩沙原住民-1650年至1950年大英帝國對於台灣原住民資料報告翻譯出版
  40. 2009 十九世紀末的南台灣原住民 翻譯出版
  41. 2009 台灣研究概覽 翻譯出版
  42. 2010 上山下海-達悟族特展特刊
  43. 2010 邂逅福爾摩沙-台灣原住民社會紀實:荷蘭檔案摘要系列一:1623-1635 翻譯出版
  44. 2010 邂逅福爾摩沙-台灣原住民社會紀實:荷蘭檔案摘要系列二:1636-1645 翻譯出版
  45. 2010 第三屆全國學生台灣原住民海報創作競賽專刊
  46. 2010 博物館中/英、簡體中文/日文導覽手冊
  47. 2010 Shung Ye Museum of Formosan Aborigines Monograph 7「The Formosan Encounter:1955-1668」
  48. 2011 埋藏在綠色叢林中的寶藏∼tjuvecekadan(七佳)石板屋部落專刊
  49. 2011 Shung Ye Museum of Formosan Aborigines Monograph 7
  50. 2012 第四屆全國學生台灣原住民海報創作競賽專刊
  51. 2012 Taiwan Since Martial Law: Society, Culture, Politics, Economy
  52. 2012雲端上的阿禮部落特刊
  53. 2013織上來時路 留下虹印記特刊
  54. 2014第五屆海報展特刊
  55. 2014 20週年特刊
  56. 2014 (原生力)宜蘭大南澳泰雅12家族部落特刊
  57. 2015 Chronicling Formosa: Setting the Foundations for the Presbyterian Mission, 1865-1876

【影像&有聲出版】

  1. 排灣族人撒古流 (錄影帶)
  2. 台灣原住民音樂紀實-雅美族之歌、卑南族之歌 (錄音帶/CD)
  3. 排灣族之歌、魯凱族之歌 (錄音帶/CD)
  4. 阿美族宜灣部落人Lifok的口琴專輯 (CD)

■ 博物館贊助出版物
【平面出版】

  1. 1995 台灣原住民研究資料叢書1:???日記/馬淵悟
  2. 1996 番族慣習調查報告書(第一卷)泰雅族/中央研究院民族學研究所
  3. 1996 台灣原住民研究第1號/日本順益台灣原住民研究會
  4. 1997 台灣原住民研究第2號/日本順益台灣原住民研究會
  5. 1997 日本?台灣原住民研究文獻目錄(1945-1996)/笠原政治
  6. 1998 台灣原住民研究資料叢書2:排灣族傳說集/松澤員子
  7. 1998 台灣原住民研究資料叢書3:伊能嘉矩蕃語調查手冊/森口恆一
  8. 1998 台灣原住民研究資料叢書4:噶瑪蘭族神話傳說集/清水純
  9. 1998 岸裡大社文書(第1~5冊精裝)/國立台灣大學
  10. 1998 台灣原住民研究?招待/日本順益台灣原住民研究會
  11. 1998 台灣原住民研究第3號/日本順益台灣原住民研究會
  12. 1998 番族慣習調查報告書(第三卷)賽夏族/中央研究院民族學研究所
  13. 1999 伊能嘉矩所藏寫真集/日本順益台灣原住民研究會
  14. 1999 The Formosan Encounter: Notes on Formosa’s Aboriginal Society: A Selection of Documents from Dutch Archival Sources Volume Ⅰ: 1623-1635
  15. 1999 Aborigines of South Taiwan in the 1880’s
  16. 2000 番族慣習調查報告書(第二卷)阿美族.卑南族/中央研究院民族學研究所
  17. 2001 番族慣習調查報告書(第四卷)鄒族/中央研究院民族學研究所
  18. 2003 番族慣習調查報告書(第五卷)排灣族第一冊/中央研究院民族學研究所
  19. 2011 心理學家閱讀陳水扁
  20. 2011 台灣原住民研究 第14號
  21. 2011 台灣原住民研究 第15號
  22. 2014台灣原住民研究的射程

■ 1995年『台灣原住民出版獎助』八本獲獎作品

1. 雅美族的社會與風俗 臺原出版社 周宗經
2. 尊嚴與屈辱:1987國境邊陲.蘭嶼 時報文化企業 關曉榮
3. 出大武山記:山中俊傑陳天成故事 稻鄉出版社 陳孝義
4. 阿里山鄒族的社會與宗教生活 稻鄉出版社 王嵩山
5. 雅美族之住居文化及變遷 稻鄉出版社 黃 旭
6. 台灣布農族風俗圖誌 常民文化 田哲益
7. 尋訪台灣平埔族 常民文化 劉還月
8. 芋頭的禮讚 稻鄉出版社 董瑪女